知らないと損！会社設立時の登録免許税を半額にする方法と必要書類まとめ

会社設立の初期費用を少しでも抑えたいとお考えですか？

実は、国が推奨する「特定創業支援等事業」を活用すれば、株式会社や合同会社の設立時に法務局へ支払う登録免許税を半額に減税できます。

この記事では、登録免許税が半額になる対象者の条件や、自治体から発行してもらう必要書類（証明書）の入手方法、具体的な登記申請の手順までを分かりやすく解説します。

この記事を読めば、損をすることなくスムーズに最安値で会社を設立するステップがすべて分かります。

1. 会社設立時にかかる登録免許税の基本知識

会社を設立する際には、さまざまな手続きと費用が発生します。

その中でも、設立登記の際に必ず国に納めなければならない税金が「登録免許税」です。

ここでは、登録免許税の基本的な仕組みや、設立する会社の種類によって異なる税額の計算方法について詳しく解説します。

1.1 そもそも登録免許税とは

登録免許税とは、会社や不動産の登記、特定の資格の登録などを行う際に、国に対して納付する国税のことです。

会社設立においては、法務局に対して「設立登記」の申請を行うタイミングで支払う必要があります。

登録免許税の納付は、一般的に登記申請書に金額分の収入印紙を貼り付けて提出する方法で行われます。

また、オンラインで登記申請を行う場合には、インターネットバンキングなどを利用して電子納付することも可能です。

この登録免許税を支払わなければ、会社設立の登記手続きを進めることはできません。

会社設立にかかる諸費用の中でも、大きな割合を占める法定費用の一つです。

1.2 株式会社と合同会社で異なる登録免許税の金額

会社設立時の登録免許税は、一律の金額ではなく、設立する会社の種類（株式会社または合同会社）や資本金の額によって変動します。

具体的には、資本金の額に一定の税率を掛け合わせて計算しますが、それぞれ最低税額が法律で定められています。

株式会社と合同会社における登録免許税の計算方法と最低税額の違いは以下の通りです。

例えば、株式会社を設立する場合、資本金が1,000万円であっても、税率（0.7%）を掛けた金額は7万円となります。

しかし、最低税額が15万円と定められているため、実際の登録免許税は15万円を納める必要があります。

資本金が約2,142万円を超える場合のみ、資本金に0.7%を掛けた金額が登録免許税となります。

同様に、合同会社を設立する場合も、資本金に0.7%を掛けた金額が6万円に満たないときは、最低税額である6万円を支払わなければなりません。

このように、会社設立時にはまとまった金額の登録免許税が初期費用として必要になります。

2. 会社設立の登録免許税を半額にする特定創業支援等事業とは

会社設立時の大きな負担となるのが「登録免許税」です。

この登録免許税を半額に抑えることができる非常に魅力的な制度が、国が推進する「特定創業支援等事業」です。

まずは、この制度の全体像と、なぜ税金が安くなるのかという仕組みについて詳しく解説します。

2.1 国が推奨する特定創業支援等事業の概要

特定創業支援等事業とは、産業競争力強化法に基づき、市区町村が民間支援機関（商工会議所や金融機関など）と連携して、創業希望者や創業間もない方を継続的に支援する取り組みのことです。

国が認定した自治体の計画に沿って実施されます。

この事業の目的は、地域における創業を活性化させ、新規事業の成功率を高めることにあります。

そのため、単なる手続きの案内ではなく、創業に必要な極めて実践的な知識を体系的に学ぶことができる支援プログラムが用意されています。

具体的には、以下の「4つの知識」をすべて身につけられるプログラムを、1ヶ月以上かつ4回以上にわたって受講することが一般的な要件となっています。

• 経営：事業計画の策定方法や、ビジネスモデルの構築、リスク管理に関する知識
• 財務：資金繰り表の作成方法、資金調達の手法、決算書の読み方に関する知識
• 人材育成：従業員の採用や育成、労務管理、組織づくりに関する知識
• 販路開拓：マーケティング、ターゲット層へのアプローチ方法、営業戦略に関する知識

これらの支援は、各自治体が主催する「創業セミナー」や「創業塾」への参加、あるいは専門家による「個別相談窓口」での面談などを通じて提供されます。

すべてのカリキュラムを修了し、自治体から支援を受けたと認められると、登録免許税の減額措置を受けるために不可欠な「証明書」を発行してもらえるようになります。

2.2 登録免許税が半額になる対象者と条件

特定創業支援等事業による登録免許税の減額措置は、すべての創業者が無条件で受けられるわけではありません。

制度の対象となるのは、以下の条件を満たす方に限定されています。

主な対象者は、「これから初めて会社を設立する創業前の個人」または「創業してから5年未満の個人」です。

すでに個人事業主として開業しており、その後法人化（法人成り）する場合も、開業から5年未満であれば対象に含まれます。

また、減額措置が適用される法人の種類は「株式会社」と「合同会社」であり、それぞれ以下のように登録免許税が減額されます。

具体的な減額内容と最低税額の違いは以下の通りです。

このように、株式会社を設立する場合は最低でも7万5,000円の節税になり、合同会社を設立する場合は最低でも3万円の節税になります。

資本金の額が大きく、登録免許税が最低税額を超える場合であっても、税率自体が「0.7%から0.35%」へと引き下げられるため、大幅なコスト削減が可能です。

2.3 登録免許税の減額以外のメリット

特定創業支援等事業の支援を受け、自治体から証明書を取得することのメリットは、登録免許税の減額だけにとどまりません。

創業期における資金調達や販路開拓を強力に後押しする、以下のような複数の優遇措置を同時に受けることができるのも大きな魅力です。

これらの優遇措置は、会社設立初期のキャッシュフローを安定させ、事業を軌道に乗せるために非常に有効な手段となります。

登録免許税の節税とあわせて、これらの公的支援をフルに活用することで、創業期の資金的なリスクを大幅に軽減することが可能になります。

3. 登録免許税を半額にするための必要書類と入手方法

会社設立時の登録免許税を半額にするためには、自治体が発行する証明書と、通常の登記申請に必要な書類の2種類を準備する必要があります。

これらの書類を不備なく揃え、法務局へ提出することで、はじめて税額の軽減措置が適用されます。

ここでは、それぞれの必要書類の概要と具体的な入手方法について詳しく解説します。

3.1 特定創業支援等事業の証明書

登録免許税の減額措置を受けるために最も重要な書類が、自治体から発行される「特定創業支援等事業により支援を受けたことの証明書」です。

この証明書は、創業予定地（またはすでに創業した地）の市区町村が実施する創業支援を受け、その修了基準を満たした後に、自治体の窓口へ申請することで取得できます。

3.1.1 証明書の申請に必要な書類一覧

特定創業支援等事業の証明書は、必ず会社設立登記を法務局に申請する前に取得しておく必要があります。

登記申請後に証明書を提出しても、登録免許税の減額は受けられないため注意してください。

3.2 会社設立の登記申請に必要な基本書類

登録免許税を半額にするための証明書が手元に揃ったら、通常の会社設立登記に必要な書類と合わせて法務局へ提出します。

株式会社と合同会社では、設立時に作成・準備する書類が一部異なります。それぞれの必要書類は以下の通りです。

3.2.1 株式会社の設立登記に必要な書類

3.2.2 合同会社の設立登記に必要な書類

4. 会社設立時の登録免許税を半額にする具体的な手順

登録免許税の減額特例を受けるためには、正しい順番で手続きを進める必要があります。

特に、登記申請の前に証明書を取得していなければ減額は受けられないため、事前のスケジュール管理が非常に重要です。

ここでは、会社設立時の登録免許税を半額にするための具体的な4つのステップを詳しく解説します。

4.1 ステップ1 自治体の特定創業支援等事業を確認する

最初に行うべきことは、会社を設立する予定の市区町村（本店所在地となる自治体）が、産業競争力強化法に基づく「特定創業支援等事業」を実施しているかどうかの確認です。

登録免許税の軽減措置を受けるためには、設立登記を行う自治体から証明書を発行してもらう必要があります。

例えば、東京都港区で会社を設立する場合は港区の、大阪市で設立する場合は大阪市の支援事業を利用しなければなりません。

隣接する別の自治体で支援を受けても、設立登記をする自治体が異なれば減額対象外となるため注意してください。

多くの自治体がホームページ上で「特定創業支援等事業」や「創業支援マイページ」などの特設サイトを設けています。

実施している支援内容や窓口、申請の流れが記載されているため、まずは「（自治体名）　特定創業支援等事業」と検索して確認しましょう。

4.2 ステップ2 セミナーや個別相談などの支援を受ける

自治体が指定する特定創業支援等事業のメニューの中から、自分に合った支援を選んで受講・相談を行います。

この支援は、創業に必要な「経営」「財務」「人材育成」「販路開拓」の4つの知識をすべて身につけるためのカリキュラムとなっています。

国が定める基準として、原則として「1ヶ月以上かつ4回以上」の継続的な支援を受ける必要があります。

1日限りの単発セミナーを受講しただけでは、証明書の発行要件を満たさないため、設立希望日から逆算して余裕を持ったスケジュールを組むことが大切です。

4.3 ステップ3 自治体に証明書の発行を申請する

所定の支援（1ヶ月以上かつ4回以上）をすべて修了したら、自治体の窓口へ「特定創業支援等事業により支援を受けたことの証明申請書」を提出します。

申請時には、受講証明書やアンケート結果、創業計画書などの提示を求められることがあります。

自治体によって必要書類や提出方法（窓口持参、郵送、オンライン申請など）が異なるため、支援が終了する段階で窓口に確認しておくとスムーズです。

申請から実際に証明書が手元に届くまでには数日から2週間程度かかります。

証明書の発行手数料は、ほとんどの自治体で無料となっています。

証明書は有効期限（多くは傘下の制度改正や年度末までなどの制限あり）が設定されている場合があるため、取得後は速やかに登記申請の準備へ移行しましょう。

4.4 ステップ4 証明書を添付して会社設立の登記申請を行う

自治体から発行された「特定創業支援等事業により支援を受けたことの証明書」の原本を添付して、法務局へ会社設立の登記申請を行います。

必ず会社設立の登記申請を行う前に、証明書をあらかじめ手元に用意しておく必要があります。

登記完了後に証明書を提出しても、登録免許税の還付（払い戻し）を受けることはできません。

4.4.1 法務局への登記申請書類の書き方

登記申請書を作成する際、登録免許税の額を計算して記載します。
特定創業支援等事業の証明書を添付する場合、登録免許税の税率が通常の「資本金の1000分の7」から「1000分の3.5」に軽減されます。
さらに、登録免許税の最低税額も半額（株式会社は7.5万円、合同会社は3万円）に引き下げられます。

申請書の「登録免許税」の項目には、半額に減額した後の金額を記載します。
また、登録免許税の軽減措置の適用を受ける根拠として、申請書の余白や登録免許税の記載箇所の近くに、以下のような文言を明記する必要があります。

◆「租税特別措置法第80条第2項の規定に基づき、特定創業支援等事業の証明書を添付して申請します」

4.4.2 オンライン申請時の対応方法

登記・供託オンライン申請システムを利用して電子申請を行う場合は、証明書をスキャナーで読み取ったPDFファイルを添付して送信します。
ただし、電子申請であっても、証明書の原本は別途、法務局へ郵送または持参して提出する必要があります。
オンライン上で送信しただけで完了したと誤認し、原本の提出を忘れてしまうと、法務局から補正（修正・再提出）の指示が入るため注意してください。

5. 登録免許税を半額にする際の注意点

特定創業支援等事業による登録免許税の軽減措置は、会社設立時の初期費用を大幅に抑えられる非常に魅力的な制度です。

しかし、適用を受けるためには厳格なルールや期限があり、事前の確認を怠ると減税が受けられなくなる恐れがあります。

ここでは、登録免許税を半額にする際に必ず押さえておくべき注意点を詳しく解説します。

5.1 会社設立登記の前に証明書を取得する必要がある

最も重要かつ間違いやすいポイントは、法務局へ会社設立の登記申請を行う時点で、自治体が発行した「特定創業支援等事業の証明書」が手元になければならないという点です。

登記申請を済ませた後に証明書を提出しても、登録免許税の軽減措置は適用されず、後から差額を返金（還付）してもらうこともできません。

必ず「自治体による支援の完了 → 証明書の発行申請・取得 → 登記申請」という順序を厳守してください。

5.1.1 証明書の発行には時間がかかる

特定創業支援等事業のセミナー受講や個別相談などのカリキュラムを修了してから、実際に自治体から証明書が発行されるまでには、数日から数週間程度の期間が必要となります。
証明書の発行を待っている間に会社設立の希望日（創立記念日など）が過ぎてしまわないよう、スケジュールには十分な余裕を持って準備を進めることが大切です。

5.2 すべての自治体で実施しているわけではない

特定創業支援等事業は、国の認定を受けた市区町村が主体となって実施しています。

そのため、日本全国すべての自治体で実施されているわけではありません。

また、実施している自治体であっても、支援内容や証明書の発行条件に細かな違いがあります。

5.2.1 設立予定の市区町村での証明書取得が必要

登録免許税の軽減措置を受けるためには、会社を設立する予定の市区町村（本店の所在地）が実施する特定創業支援等事業を受け、その自治体から証明書を取得する必要があります。
例えば、東京都渋谷区で支援を受けて証明書を取得した場合、渋谷区内に本店を置く会社を設立する際には減税が適用されますが、新宿区に本店を置く会社を設立する場合には、渋谷区の証明書を使用することはできません。

5.3 法人による会社設立は対象外となる

この軽減措置は、新しく産業を興す個人を支援するための制度です。

そのため、既に法人格を持っている企業が新しく子会社を設立する場合や、別法人を立ち上げる場合は対象外となります。

申請者が「個人」であることが必須条件です。

5.3.1 個人事業主の「法人成り」は対象内

現在すでに個人事業主として事業を行っている方が、事業規模の拡大などのために法人化する、いわゆる「法人成り」の場合は、創業した日以後5年を経過していない個人であれば減税の対象となります。
すでに開業届を提出していても、期間内であれば問題なく制度を利用可能です。

5.3.2 既存法人の子会社設立などは対象外

個人ではなく、既存の会社が資金を出資して新しい会社（子会社や関連会社）を設立する行為は、本制度の目的である「新規開業者の支援」に該当しないため、軽減措置の適用を受けることはできません。
対象者と対象外となるケースの具体的な違いは以下の通りです。

5.4 その他の注意すべき制限事項

5.4.1 組織変更登記には適用されない

すでに設立されている合同会社を株式会社へ組織変更するような場合の登記は、新規の会社設立登記ではないため、登録免許税の半額措置の対象にはなりません。
あくまでも新しく会社を立ち上げる「設立登記」のみが対象となります。

6. まとめ

特定創業支援等事業を活用すれば、会社設立時の登録免許税を半額（株式会社は最低7.5万円、合同会社は最低3万円）に抑えられます。

起業時の初期費用を大幅に削減できるため、予算を抑えたい創業者にとって利用しない手はありません。

ただし、減税を受けるには必ず「設立登記の申請前」に自治体から証明書を取得しておく必要があります。

登記後の申請は認められないため注意しましょう。

まずは設立予定地の市区町村の窓口やホームページで、支援事業の要件を確認することから始めてみてください。